Program studiów stomatologicznych obejmuje następujące tematy: chirurgia jamy ustnej i szczękowo-twarzowej, protetyka, stomatologia zachowawcza i endodoncja, periodontologia i medycyna jamy ustnej, stomatologia dziecięca oraz ortodoncja. Celem studiów podyplomowych Stomatologia jest poszerzenie, pogłębienie wiedzy doktorantów nie tylko w zakresie podstawowej dziedziny Stomatologii, ale także dziedzin pokrewnych (z pogranicza) i na tej podstawie samodzielnej pracy naukowej. Główną częścią studiów jest rozwiązanie konkretnego zadania badawczego z zakresu stomatologii, co jest zgodne z kierunkiem badawczym katedry. Wyniki rozwiązania zadanego tematu doktorant opracowuje w swojej rozprawie doktorskiej. Jednocześnie prezentuje je na bieżąco zarówno w formie artykułu fachowego w odpowiednim czasopiśmie, jak i w formie przekazów ustnych na krajowych lub zagranicznych spotkaniach branżowych. Program studiów bez specjalizacji.

Studenci kierunku choroby wewnętrzne muszą w trakcie studiów poznać podstawowe zasady nauki: przygotowanie badań literaturowych, optymalny dobór grup pacjentów lub grup eksperymentalnych, poznać niektóre metody diagnostyczne (laboratoryjne, immunoanalityczne, obrazowe). Tematyka prac obejmować będzie etiopatogenezę chorób układu krążenia, chorób nowotworowych, chorób endokrynologicznych, diagnostykę i terapię ostrych stanów w chorobach wewnętrznych oraz zagadnienia związane z wymianą najważniejszych narządów i funkcji. Program studiów bez specjalizacji.

Farmakologia medyczna jest podstawową eksperymentalną dziedziną biomedycyny, która zajmuje się kinetyką i dynamiką leków, podsumowuje aktualną wiedzę w tej dziedzinie i rozwiązuje problemy eksperymentalne współczesnej farmakokinetyki, farmakodynamiki, interakcji leków, skutków ubocznych leków. Wyniki stanowią podstawę farmakologii klinicznej i farmakoterapii. Jest to kierunek studiów bez specjalizacji.

Studia podyplomowe z fizjologii i patofizjologii koncentrują się na badaniu funkcji narządów i układów narządów podczas reakcji i adaptacji do zmian w środowisku zewnętrznym i wewnętrznym w zdrowiu i chorobie. Dominuje przejście od badań pośrednich przejawów pewnych funkcji do ich własnych mechanizmów funkcjonalnych i regulacyjnych na poziomie komórkowym i molekularnym. Zdobyta wiedza ma fundamentalne znaczenie w profilaktyce, diagnostyce i leczeniu chorób człowieka. Program studiów bez specjalizacji.

Program studiów z zakresu anatomii, histologii i embriologii obejmuje klasyczną, systematyczną makroanatomię, anatomię topograficzną, współczesną anatomię kliniczną, anatomię mikroskopową, histologię (mikroskopia świetlna i mikroskopia elektronowa), immunohistochemię i cytologię (morfologię, biologię i patologię komórki). Uwzględniono także embriologię, ze szczególnym uwzględnieniem wpływu środowiskowych wrodzonych wad rozwojowych. Ten program studiów jest bez specjalizacji.

Program studiów Patologia obejmuje głównie następujące zagadnienia: korelacja zmian morfologicznych i molekularnych w chorobach nowotworowych ze szczególnym uwzględnieniem diagnostyki różnicowej, metod wykrywania patogenów wirusowych i bakteryjnych w karcynogenezie oraz korelacji kliniczno-patologicznych w hematoonkologii, patologii głowy i szyi, onkologia ślinianek, patologia i onkologia układu moczowo-płciowego, oddechowego i pokarmowego. Program studiów podkreśla opis słabo poznanych i nowo rozpoznanych jednostek nowotworowych, a także Ten program studiów jest bez specjalizacji.

Program obejmuje ortopedię ogólną i specjalistyczną m.in. alloplastyka, spondylochirurgia, artroskopia, ortopedia dziecięca, traumatologia narządu ruchu. Ortopedia to dyscyplina chirurgiczna zajmująca się diagnostyką, profilaktyką i leczeniem wrodzonych lub nabytych zaburzeń, deformacji oraz problemów funkcjonalnych (urazowych i nieurazowych) układu mięśniowo-szkieletowego. Program studiów bez specjalizacji.

Absolwent opanowuje podstawową metodologię biologii molekularnej i genetyki, inżynierii genetycznej, genetyki populacyjnej i mikroskopii, która jest w stanie ćwiczyć, stosować i interpretować w badaniach, praktyce klinicznej lub edukacji. Absolwent posiada ogólny przegląd podstawowych metod statystycznych stosowanych przy ocenie wyników. Absolwent wykazał się umiejętnością samodzielnej, twórczej i zespołowej pracy naukowej, potrafi przetwarzać i interpretować wyniki oraz potrafi zaprezentować te wyniki na forum naukowym w języku czeskim i angielskim. Absolwent jest w pełni zaznajomiony z zasadami etyki pracy naukowej, zasadami i etyką związaną z interpretacją wyników, postępowaniem z danymi pacjentów, pracą z organizmami genetycznie zmodyfikowanymi (GMO), zasadami ochrony zwierząt przed okrucieństwem oraz pracą w harmonii z nimi.

Mikrobiologia medyczna to rozwijająca się dyscyplina lekarska, ściśle współpracująca z wieloma specjalizacjami klinicznymi, m.in. intensywną opieką medyczną, transplantologią, chirurgią). Do celów diagnostycznych wykorzystywane są zaawansowane techniki molekularno-genetyczne i proteomiczne. Podstawowym celem współczesnej mikrobiologii medycznej jest zrozumienie interakcji między patogenem a gospodarzem, czyli poznanie patogenezy chorób zakaźnych. Badania skupiają się również na opracowywaniu nowatorskich procedur diagnostycznych, skutecznej terapii, epidemiologii chorób zakaźnych itp. Program studiów bez specjalizacji.

Nauka o obrazowaniu zwraca uwagę na diagnostyczne i terapeutyczne zastosowanie metod obrazowania radiologii, a także medycyny nuklearnej. Obrazowanie bardzo ściśle współpracuje z innymi podstawowymi dyscyplinami medycyny. Absolwent studiów doktoranckich na kierunku nauka o obrazowaniu w medycynie zdobywa erudycję naukową opartą na połączeniu studiów teoretycznych, praktyki klinicznej i pracy naukowej w konkretnym zadaniu naukowo-badawczym. Część teoretyczna opracowania obejmuje cały zakres dyscypliny (niewypłacalny osiąga szczegółową znajomość zagadnień związanych z pracą doktorską oraz znajomość pozostałych działów radiologii na poziomie egzaminu specjalizacyjnego co najmniej). Kształcenie teoretyczne uzupełniane jest obowiązkowymi i dobrowolnymi kursami specjalistycznymi oraz stażami naukowymi. Część kliniczna realizowana jest w oddziale obrazowania zgodnie z tematem pracy doktorskiej. Część naukowo-badawcza opiera się na rozwiązaniu konkretnego zadania i publikacji wyników badań. W trakcie realizacji zadania badawczego absolwentka uczy się nieprzyzwoicie pracować nad projektem naukowym, tworzyć tezy, studiować literaturę, weryfikować hipotezy na wybranej próbie, interpretować wyniki oraz publikować je w czasopismach naukowych i podczas kongresów. Studium kończy się egzaminem państwowym i obroną pracy doktorskiej. Udany absolwent osiąga stopień naukowy doktora, Program studiów bez specjalizacji.

Program doktorancki Ginekologii i Położnictwa obejmuje projekty realizowane w całej gamie podspecjalizacji w ramach dyscypliny oraz podejmowane we współpracy z innymi dyscyplinami. Oczekiwany poziom wiedzy zawodowej powinien spełniać wymagania egzaminu specjalizacyjnego EBCOG. Oddział Ginekologii i Położnictwa Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu Karola w Pilźnie koncentruje swoją działalność naukową i badawczą na następujących tematach: onkoginekologia, chirurgia dna miednicy, immunologia rozrodu, uroginekologia, opieka okołoporodowa i endoskopia ginekologiczna. Ściśle współpracuje z Centrum Biomedycznym Wydziału Lekarskiego, wiodącą i nowoczesną placówką naukową. Oddział Ginekologii i Położnictwa pełni również funkcję regionalnego ośrodka skierowań i szkoleń podyplomowych. Program studiów bez specjalizacji.

W ciągu ostatnich dwóch dekad chirurgia eksperymentalna uległa znacznemu rozwojowi wraz z postępem w pokrewnych jej dziedzinach, co znacznie rozszerzyło jej możliwości badawcze. Te pokrewne dziedziny obejmują onkologię, anestezjologię, intensywną medycynę, metody obrazowania, biologię molekularną, inżynierię tkankową, biomechanikę, modelowanie oprogramowania itp. Dziedziny te umożliwiły spektrum badawcze chirurgii eksperymentalnej obejmujące m.in. eksperymentalne leczenie nowotworów i chorób nienowotworowych, i badania sztucznych narządów. Taki postęp może być również aktualnym wdrożeniem zasady „3R” pracy ze zwierzętami doświadczalnymi. Podstawową dziedziną jest rozumienie metod i procedur chirurgii eksperymentalnej w powiązaniu z wymienionymi powyżej dziedzinami granicznymi. Istotny jest również związek z polami klinicznymi, które często definiują pytania badawcze i stosują wyniki badań. Wszystkie te dziedziny są dostępne dla działalności naukowej i badawczej.